Bakı Mühəndislik Universiteti  (BMU) İqtisadiyyat və idarəetmə fakültəsinin (Dünya iqtisadiyyatı ixtisası) məzunu Elmir Muxtarov magistratura dərəcəsində təhsilini davam etdirmək üçün qəbul şərtləri rəqabətcil olan və əksəriyyəti dünyanın nüfuzlu universitetləri sırasında yer alan 11 təhsil ocağından müsbət cavab alıb.

Həmin universitetlər sırasında Harvard Universiteti (ABŞ), Cambridge Universiteti (Birləşmiş Krallıq), Chicago Universiteti (ABŞ), UCL (Birləşmiş Krallıq), National University of Singapore (Sinqapur), Columbia Universiteti (ABŞ), Michigan Universiteti (ABŞ), Sciences Po (Fransa), George Washington Universiteti (ABŞ), American Universiteti (ABŞ), Antverpen Universiteti (Belçika) kimi nüfuzlu təhsil ocaqları var.

E.Muxtarov orta təhsilini Qax şəhər 2 saylı orta məktəbdə, bakalavr təhsilini isə ortalama 94.58 bal ilə BMU-da (2019-cu il) bitirib. Tələbə olduğu müddətdə ictimai fəallığı ilə seçilən Elmir həm BMU-nun “Model BMT klubu”nun rəhbəri, həm də İqtisadi və Sosial İnkişaf Mərkəzində tədqiqatçı kimi fəaliyyət göstərib.