در جریان نسلکشی خوجالی، ۲۱۰ نفر به عنوان مفقودالاثر در کمیسیون دولتی مربوط به اسرا، مفقودین و گروگانها ثبت شدهاند که از این تعداد ۱۶۸ نفر غیرنظامی و ۴۲ نفر نیز اعضای گروه دفاع شخصی شهر بودهاند. در میان غیرنظامیان ۳۸ کودک وجود دارد که ۲۳ نفر از آنها پسر و ۱۵ نفر دختر هستند. همچنین در میان غیرنظامیان ۵۷ زن و ۳۰ سالمند نیز حضور دارند.
Modern.az گزارش میدهد که در فرآیند جستجو، حفاری و نبش قبر که از فوریه ۲۰۲۱ آغاز شده است، بقایای احتمالی اجساد ۸۳۱ نفر از مفقودین کشف و جمعآوری شده است. همچنین ۳۲ گور دستهجمعی در مناطق آزاد شده از اشغال کشف شده است. از گورهای دستهجمعی کشف شده، بقایای احتمالی اجساد ۲۵۲ نفر نبش قبر شده است.
در نتیجه آزمایش مولکولی-ژنتیکی قضایی بقایای اجساد کشف شده، هویت ۲۲۰ نفر از مفقودین جنگ اول قرهباغ شناسایی شده و به اطلاع عموم رسیده، به خانوادههایشان تحویل داده شده و مطابق با الزامات قانونی و سنتهای ملی-مذهبی به خاک سپرده شدهاند.
از ۲۲۰ نفر شناسایی شده، ۲۴ نفر از شهروندانی هستند که در جریان نسلکشی خوجالی مفقود شده بودند.