Qızılağac Milli Parkında elmi tədqiqat,turizm işlərinin inkişaf etdirilməsi ilə paralel Milli Parkın xidməti ərazilərinin mühafizəsində ən vacib məsələ olaraq qalmaqdadır.
Milli Parkın mühafizəsinin təşkili növbəli şəkildə (gecə və gündüz) həyata keçirilir.Əvvəlki illərə nisbətən ərazidə brakonerliyin sayının xeyli azalmasına baxmayaraq hələ də müxtəlif insanların təbiətə qanunsuz müdaxilələri davam etməkdədir.
Belə ki,cari il ərzində Milli Parkda Ekologiya qanunvericiliyinin tələblərinin pozulmasına görə 25 ədəd akt, 9 ədəd protokol tərtib edilərək 5330 manat təbiətə dəymiş ziyan,7200 manat inzibati cərimələr tətbiq edilmişdir. Həmçinin 4 nəfərin əməlində cinayət tərkibi olduğuna görə baxılması üçün müvafiq hüquq mühafizə orqanlarına göndərilmişdir.
Bundan əlavə Milli Parkda baş verə biləcək yanğın hallarının qarşısını vaxtında almaq üçün FHN-nin yerli qurumları ilə birgə mütəmadi təlimlər keçirilmişdir.
Qızılağac Milli Parkının ümumi mühafizəsi gecə və gündüz Parkın mühafizə xidmətinin ciddi nəzarəti altında qorunmaqdadır.
